Foi também no Colégio de Santa Bárbara que conheceu e construiu uma solida amizade com Ignácio de Loyola. Relacionado com este acontecimento, enviou uma carta a seu irmão Juan onde escreveu: "Ele foi á causa que me levou a separar das más companhias, as quais na verdade, eu não sabia que não eram boas, em face de minha pouca experiência. Agora que estas heresias passaram por Paris, não quero nem me lembrar que andava perto delas.”
Xavier logo que se encontrou com Íñigo (Ignácio) de Loyola, notou que algo especial irradiava de sua pessoa. Tinha uma simpatia tão irresistível que o atraía. Quando Ignácio estava em Manresa, escreveu um livro sobre Exercícios Espirituais, resultado do aprofundamento de seus estudos sobre a Sagrada Escritura e a Doutrina Cristã. Posteriormente o livro exerceu no mundo uma grande influencia religiosa.
Naquele ano em Paris, Ignácio estava hospedado num hospital, vivendo de caridade. Entretanto, as reuniões piedosas que organizava com dedicação e empenho, produziu tumultuosos protestos, inclusive de professores que tinham idéias diferentes das que ele pregava, principalmente quando focalizava a moral cristã. Numa ocasião quase o açoitaram publicamente. Por essa razão, limitou-se ao cultivo espiritual somente em companhia de poucas e escolhidas pessoas. Ao começar os seus estudos de filosofia no Colégio de Santa Bárbara, conseguiu ocupar o mesmo quarto onde estavam Fabro e Xavier, que terminavam os estudos.
Xavier recebeu Ignácio com hostilidade, recordando que na Espanha os seus irmãos tinham lutado contra os irmãos dele. Todavia com o passar dos dias, Ignácio ganhou sua amizade e também a amizade de Fabro, que lhe repetia as lições ouvidas na aula. Nas conversas e nos planos, os três se entusiasmaram com a idéia de irem a Jerusalém e diante do Santo Sepulcro se consagrarem à salvação das almas.
Na continuidade dos meses, Ignácio passou a ajudar Xavier em suas necessidades, já que seus irmãos decidiram não lhe mandar mais dinheiro. Magdalena, uma das irmãs de Xavier, repreendeu a seus irmãos por aquele procedimento, dizendo-lhes: “Porque tengo entendido que Javier será un gran siervo de DIOS y columna de la Iglesia" (Porque compreendo que Xavier será um grande servo de DEUS e coluna da Igreja). Em 1526 Xavier formou-se em Filosofia com o grau de Bacharel concluindo brilhantemente o curso e em 1530 alcançou o grau de Mestre (professor). Ignácio procurou e conseguiu muitos e bons alunos para ele, porque compreendeu, que se conseguisse mantê-lo a seu lado, “ganaría medio mundo para CRISTO” (ganharia meio mundo para CRISTO). Por essa razão também decidiu lhe ensinar as palavras do Evangelho: "¿Qué le aprovecha al hombre ganar todo el mundo si pierde su alma?"(Que adianta ao homem ganhar todo o mundo se perde a sua alma?). Contudo Xavier escutava aquelas palavras sem grande prazer. Mas Ignácio insistiu e repetiu os ensinamentos cristãos dezenas de vezes, até que um dia ele se rendeu:
-"¿Qué quieres que haga?"(O que quer que eu faça?)
"Que hagas los Ejercicios Espirituales". (Que faças os Exercícios Espirituais), respondeu Ignácio.
E durante 40 dias ele praticou diversos Exercícios sob a orientação de Ignácio. Entre as diversas penitencias, passou quatro dias em jejum total (sem nada comer). Assim que concluiu a penitência, estava totalmente convertido num "precioso vulcão de amor a CRISTO". Sua maior ambição se revelou no desejo incontido de converter almas. Francisco Xavier permaneceu em Paris durante 11 anos.
O APÓSTOLO JESUÍTA
Depois que Ignácio conquistou Xavier e Fabro, conseguiu trazer para junto dele: Laínez, Salmerón, Bobadilla e Simón Rodríguez.
No dia 15 de Agosto de 1534, Festa da Assunção de NOSSA SENHORA aos Céus, todos eles foram a Capela de Montmartre. Fabro que se havia ordenado sacerdote, celebrou a Santa Missa e todos fizeram votos de pobreza e castidade; fizeram também o voto de juntos irem a Terra Santa e diante do Santo Sepulcro colocarem as suas vidas consagradas à salvação das almas. Aqueles homens foram os primeiros jesuítas, os fundadores da "COMPANHIA DE JESUS", também chamada de "COMUNIDADE DOS PADRES JESUÍTAS". Saíram dali felizes e juntos permaneceram num bosque, onde almoçaram e passaram o dia em íntima conversação.
Ignácio voltou a Espanha, a fim de ajustar negócios e visitar as famílias de seus companheiros. Combinaram encontrar-se em Veneza.
Considerando que a viagem pela Itália, atravessando a região de Saboya era muito perigosa, por causa da guerra entre Francisco I da França e Carlos Saboya, Xavier e seus companheiros fizeram plano de contornar aquela grande área, passando pela Suíça. Em Novembro de 1536, partiram de Paris como peregrinos. Usavam o chapéu de aba larga igual dos estudantes e levavam a batina, o rosário ao pescoço, uma mochila com o breviário, a Bíblia e um caderno com anotações. Todavia, a perna de Xavier o incomodava muito. Quando estava na Faculdade, praticou algumas ações movidas por sua vaidade de jovem, que no entender dele, precisavam ser penitenciadas e neutralizadas. Decidiu amarrar em sua perna uma corda cheia de nós, flagelando o próprio corpo. E a corda permaneceu ali por longo tempo, não foi removida. Agora, um médico francês disse que não podia cortá-la, porque se tentasse, poderia também cortar a carne dele. Todos os amigos se colocaram em oração e a corda se soltou sozinha, sem qualquer intervenção cirúrgica.
Seguiram viagem por caminhos nevados, cheios de barro e de hereges, inimigos do Papa. Depois de provocados por alguns deles, disputaram conhecimento doutrinário com um dos chefes, que ficou derrotado sem argumentos e sem palavras. Furioso o herege reagiu dizendo que ia metê-los no cárcere. Mas eles não esperaram, fugiram antes. Depois de atravessarem os altos montes nevados da Suíça, com seus belos Lagos, chegaram a Veneza em Janeiro de 1537. Lá já se encontrava Ignácio que os esperava.
Em Veneza davam assistência aos enfermos no Hospital, enterravam os mortos e prestavam todos os socorros necessários ao bem estar do povo, principalmente daqueles que viviam abandonados e necessitavam de carinho humano e apoio espiritual.
Na primeira oportunidade, Ignácio enviou os seus companheiros a Roma, com o objetivo de receberem a benção do Papa com a intenção de viajarem a Terra Santa.
Desde Veneza até Ancona foram num barco. Mas como não tinham dinheiro para a passagem o capitão ficou furioso. Desembarcaram em Ancona para empenhar um breviário e poderem pagar a passagem do barco. Contudo na cidade conseguiram bastante dinheiro de pessoas caridosas. Tiraram o breviário da penhora e pagaram o valor das passagens ao comandante do barco.
Foram ao famoso Santuário de Loreto, onde segundo afirmam algumas lendas, se encontra a “casinha de Nazaré da Virgem Maria”, que foi trazida pelos Anjos. Passaram três dias felizes dedicados a oração e depois, seguiram a pé pelos campos para Roma. Cruzaram os Apeninos e os Montes Sabinos, enfrentaram chuvas, barro, caminhos pedregosos e todas as dificuldades. Nas cidades por onde passavam dormiam no hospício; quando estavam no campo, dormiam nos barracos abandonados, nas grutas, embaixo da copa de uma árvore frondosa, onde conseguissem se alojar.
Os Jesuítas chegaram a Roma no mês de Abril de 1537. Logo foram encaminhados a Sua Santidade o Papa Paulo III, que os recebeu com muita alegria. Na animada conversa disseram ao Papa sobre o desejo de irem a Terra Santa. Paulo III propôs aos jovens uma disputa teológica, para avaliar o grau de conhecimento de cada um e a grandeza do interesse pelo projeto que pretendiam realizar. Sua Santidade ficou entusiasmado com o resultado e lhes ofereceu de presente 60 ducados para a viagem a Palestina. Ainda junto ao Papa, pediram autorização para serem ordenados sacerdotes, o que logo aconteceu quando retornaram ao norte da Itália. Em 24 de Junho de 1537 receberam das mãos do Bispo de Veneza, as Ordens Sacras e Missa.
Em missão da Comunidade, Ignácio mandou Xavier e Bobadilla a Bolonha. E viajaram repletos de cuidados. Da mesma forma que em Veneza, também em Bolonha era perigoso sair nas ruas a noite, porque o pirata Barbarroxa prendia os cristãos. Mesmo assim, eles não se acovardaram e nem fugiram de suas missões: em Bolonha pregavam o Evangelho em todos os lugares e cuidavam dos enfermos no Hospital. Foi nesta cidade durante a celebração de uma Santa Missa, que Xavier teve um primeiro êxtase. Terminada a Santa Missa, ainda que o coroinha lhe ajudasse a tirar a vestimenta, ele se mantinha distante e desligado das coisas ao redor.
ORGANIZANDO A COMUNIDADE
Decidiram transferir a Comunidade para Roma. Conseguiram um primeiro local, embora fosse um miserável casebre, nele passaram a viver (1538 – 1540). Ignácio designou Xavier para ser o Secretário da Comunidade e junto com ele, escreveram a Primeira Constituição dos Padres Jesuítas. Por fim abandonaram o projeto de viajar a Terra Santa, em face da quantidade de serviços que assumiram, os quais exigiam a permanente e constante presença de todos eles.
Meses depois, apresentou-se a Ignácio o embaixador de Portugal D. Pedro Mascarenhas, que foi solicitar em nome do Rei D. João III, seis missionários para a Índia. Respondeu Ignácio: “Señor Embajador, si mando seis para la India, cuántos me quedan para el resto del mundo? Os enviaré dos.” (Senhor Embaixador, se envio seis para a Índia, quantos me sobrarão para o resto do mundo? Vou enviar dois).
Foram escolhidos Simón Rodriguez e Francisco Xavier.
Na manhã do dia 16 de Março de 1540, Xavier foi pedir a benção ao Papa e seguiram os dois padres com o Embaixador a caminho de Portugal.